BİYOMOLEKÜLER NİZAM-I ÂLEM

 

                 BİYOMOLEKÜLER NİZAM-I ÂLEM

         SELİM GÜRBÜZER

        Biyomoleküler hayatın temelini aşağıdan yukarıya ok işaretleriyle bir tablo halinde gösterecek olursak temelini başlangıç maddeleri oluşturup, binasını ise hücre yapısının oluşturduğunu görürüz. Şöyle ki; biyomolekül yapıların hücre boyutuna geliş hali tablo halde temelden tavana şöyle nizam bulur da:

                                                             HÜCRE

                                                                 ↑

Organeler	·       Nükleus ·       Mitokondri ·       Kloroplast
Supra molekül topluluğu parça ağırlıkları 106–109	↑ ·       Enzim kompleksleri ·       Ribozomlar ·       Kontraktil sistemler
Makro moleküler mol ağırlıklar 103-109	↑ ·       Nükleik asitler ·       Proteinler ·       Polisakkaritler ·       Lipitler
Yapı taşları mol ağırlığı 50-250	↑ Mononükleotitler	↑ Aminoasitler	↑ Monosakkaritler	↑ Yağ asitleri Gliserol
Ara Bileşikler mol ağırlığı 50-250	↑ Riboz Karbonil fosfat	↑ Alfa keto asitler	↑ Fosfo Provat Malat	↑ Asetat Malonat
Litosferde başlangıç maddeleri mol ağırlığı 18-44	↑ ·            CO2 ·       H2O ·             N2

      İşte yukarıda tablo halinde gösterdiğimiz biyomoleküler yapılardan hücre boyutuna aşma aşama gerçekleşen oluşumlardan anlaşılan o ki,  aslında makro ve mikro yönüyle fiziki âlemdeki tüm hadiselerin arka planında yaratıcı gücün mutlak faili, hiç şüphe yoktur ki Yüce Allah’tan başkası değildir. İşte bu tabloda yaratıcı gücün varlığın bizatihi kudret sahibi Yüce Allah olduğunun bilincinden hareketle şunu çok rahatlıkla söyleyebiliriz ki; hayat sadece makro âlemden ibaret değildir elbet. Çünkü makro âlemde cereyan hadiselerin birçoğu mikro âlemin temelleri üzerine kuruludur. Düşünsenize mikro âlemde spermanın yumurta hücresiyle birleşip makro düzeyde bir yaratığa dönüşmesi iri ve diri olmamızın temellerimizin Kur’an’ın ifadesiyle mikro düzeyde bir damlacık sudan yaratılış üzerine kurulu olduğunu göstermektedir. Dahası yaratılışa makro boyuttan mikro boyuta bir bütün olarak baktığımızda aslında canlı varlıkların özünde bir takım biyomoleküllerden meydana gelen proteinlerin varlığını görürüz. Öyle ki canlıların büyümeleri, üremeleri ve kalıtım özelliklerinin nesilden nesile taşınması kahır ekseriyetle protein ihtiva eden maddelerin aracılığı ile vuku bulmakta. Böylece bu noktada mesela insanın vücudu, yüz siması, konuşması,  fiziki yapısı, akıl ve ruhi melekeleri, hissiyatı,  hareket kabiliyetleri bir bütün olarak düşündüğümüzde bu durum bize başlangıçta mikro düzeydeki şuursuz sebeplerin makro düzeyde şuurlu yaratığa dönüştüğü fikrini vermektedir hep. Nitekim şuursuz sebep aracıların başında enzimler,  bir kısım hormonlar ve antikor gibi birçok protein yapıda metabolit moleküle yapılar gelmektedir. Dolayısıyla proteinlerin biyolojik hayatta yürüttükleri fonksiyonel faaliyetleri arasında en önemlilerini şöyle sıralayabiliriz:

         -Enzimatik katalizleme,

    -Taşıma ve depolama,

    -Metabolik faaliyetler,

    -Bağışıklık,

    -Sinir uyarıların üretimi ve iletimi,

    -Hormonal faaliyetler,

    -Büyüme ve farklılaşmanın kontrolü vs.

         İşte yukarıda madde madde sıraladığımız şuursuz sandığımız bu söz konusu sebepler zincirine eşlik eden tüm biyomoleküler unsurlardan anlaşılan o ki, bunlar üzerinde ne tabiatın ne de tesadüf eseri denen rastlantısal baskılama unsurların yakından uzaktan hiç bir alakası yoktur diyebiliriz. Şayet sebep teşkil edecek başlatıcı ve tetikleyici bir etken unsurdan bahsedeceksek bu ancak ve ancak yaratılış kodlarımıza kodlanmış bir takım enzim ve enzim bileşenlerinin etkisiyle mümkün olmakta.  Nitekim kimyasal reaksiyonların hemen hepsi tesadüfi oluşumlara mahal bırakmayacak bir şekilde adına   ‘enzim’ denen protein yapılı biyomoleküller sayesinde katalizlenmektedir. Yine bir başka biyomoleküllerden kanda oksijenin transportu hemoglobin ile gerçekleşirken, aynı fonksiyona benzer bir işlem kas içerisindeki demir ve oksijen bağlayıcı miyoglobin proteini tarafından gerçekleşmekte. Yetmedi kanda demir  (Fe) elementi transferrin glikoprotein tarafından taşınırken, diğer yandan hücre içi karaciğerde ferritin denen bir başka protein kompleksiyle depolama faaliyeti sergilenmekte. Mesela yine bir başka kas kasılması denen hadisede iki çeşit lif yapısında proteinlerin kayma hareketiyle gerçekleşip, deri ve kemik gibi dokuların gerilmeye dayanıklılığı fibröz protein denen kollagenin varlığı sayesinde gerçekleştiğini görmekteyiz. Bu yüzden karbonhidrat metabolizmasında ara ürün olarak tespit edilmiş olan kemik dokusunun tahrip olduğu anlamına gelen dejenere ürüne osteoliz denmektedir. Bu arada kas içerisinde gerçekleşen birçok çok özellikli uyarılara karşı sinir hücrelerinin cevabı, reseptör proteinler aracılığıyla olmaktadır. Mesela bu anlamda bir görme proteini olan rodopsin,  loş ışıkta çalışan ve siyah-beyaz görmeyi sağlayan retinal çubuk hücreler ışığı elektronlara dönüştürecek tipik bir fotoreseptör protein özellikte misyonu yüklenmişlerdir.  

       Bilindiği üzere karbon bağlarıyla birbirine kenetlenerekten ortaya çıkan biyomoleküler yapılar çok çeşitli birbirinden farklı nitelikte halkalar oluşturabiliyorlar. Bilhassa bu noktada beş veya altı karbonlu halkalar en ideal kararlı halka yapılar olarak dikkat çekmekte. Keza azot da karbonun yerine geçebilecek bir potansiyel halka özelliği niteliğine sahip bir element olarak dikkat çeker. Bu arada asit veya baz yüklü enzimler tarafından bir takım proteinler hidrolize edildiklerinde proteinlerin yapı taşları alfa–aminoasitlere ayrılabiliyor. Nitekim  α–aminoasitler ortada α karbonal (α-C) adı verilen bir karbon (C) atomuyla birlikte buna bağlı olarak zincir halkalarında yer alan bir amino (-NH₂) grubu, bir karboksil (-COOH) grubu,  bir hidrojen atomu (-H)  ve bir yan (-R) gurubunun hep bir arada oluşturacakları halka yapılarda asla tek tip değillerdir. İşte bu noktada onca çeşitlilik içerisinde bunları birbirinden ayırt etmenin yollarından biri de alfa aminoasitlerin R grubu olarak bir takım yan dallar oluşturmasıyla ayırt ediliyor olmasıdır. Nitekim bu ince ayırımı aminoasitlerin iyonlaşmamış genel formüllerinin iki aynalı D (sağ elli proteinler) ve L (sol elli proteinler) izomerleri denen halka yapılar şeklinde kendini göstermesiyle ayırd edilmekte. İşte bu şekilde sağlı sollu halka yapılar şeklinde kendini gösteren moleküler yapıların dizilişine tefekkür gözüyle baktığımızda belli ki her bir halka oluşumunun öylesine rastgele dizilerekten oluşmadığı,  tam aksine öncesinde gayet mükemmel programlanmış ve planlanmış bir şekilde dizilerekten halka oluşturdukları anlaşılmakta.  Her ne kadar kimilerince bu mükemmel programlanmış yapılar tesadüfen meydana gelmiştir deseler de hiç kuşku yoktur ki ağızlarına pelesenk ettikleri tesadüfi denilen ne idüğü belirsiz ucube varlığın tek bir tane olsun protein sentezi gerçekleştiremeyeceğini artık dağdaki çoban bile anlamış durumdadır.  Ama gel gör ki, “Mısırdaki sağır sultan bile duydu, sen duymadın” misali materyalistlerin tüm olan bitenler karşısında kafalarını kuma gömmüş bir halde duymazlıktan ve görmezlikten gelip dile getirdikleri ucube tesadüfi kavramının ardına sığınmalarını doğrusu anlamış değiliz. Oysa dile getirdikleri ucube tesadüfi eser olarak kavramlaştırılmış kerameti kendinden menkul bu suni yaratık öyle bir araya gelip de tek bir işe yarar protein oluşturacak bir moleküler yapıya bürünme ihtimalinin on üzeri yüz yetmiş bir (10¹⁷¹) rakamını tutturamayacak derecede suni putlaştırılmış bir ucube yaratıktır bu. Kaldı ki tek bir proteinin tesadüfen meydana gelme ihtimali için senede on üzeri altmış beş (10⁶⁵) sayıda değişik bileşenlerden kök almış zincir halkalarına da ihtiyaç vardır. Düşünsenize tek bir protein teşekkülü için hal durum-vaziyet buysa,  tek hücreli bir canlının meydana gelmesi için üretilecek olan total protein miktarının kendi kendine gelme ihtimalinde kim bilir durum vaziyet nasıl hal alır artık onu da kendi kendimize yapacağımız tahmini öngörülerimize bırakıyorum. Her ne kadar olacak olanı net bir rakamla ortaya koymak pek mümkün gözükmese de bu durumda kendimizi zorlayıp yine ihtimaller üzerine ortaya uç bir rakam attığımızda bile rakamların aciz kaldığı bir manzarayla karşılaşacağımız muhakkak. Kelimeni tam anlamıyla her ortaya atılan ihtimali rakam işi daha da çıkmaza sürükleyip işin içinden çıkılmaz bir hal alacaktır. Hem nasıl işin içinden çıkılabilsin ki, baksanıza bir tek canlının kendi kendine oluşması için harcanan mesainin tüm evreni baştan sona kadar 10 bin katlamalı bir dizi trilyon trilyon trilyon trilyon trilyon rakamlarla bile ifade edemeyeceğimiz rakamların etrafında avara kasnak misali dönüp dolaşmak anlamına gelen beyhude iş çıkmazlığıdır bu. Düşünsenize en küçük canlının hayatını idame ettirebilmesi için en basitinden 239 proteine ihtiyaç duyulmakta, şimdi gel de bu işin içinden çık çıkabilirsen. Hele ki amino asitlerin en basitinden glisinin kendi kendine tesadüfen oluşma ihtimalinin hesap etmeye kalkıştığımızda rakamların dili bile bundan aciz kalıp kifayet etmeyeceği muhakkak. İlla bir rakam telaffuz edilecekse de bikere her bir canlının vücut bulup yaşaması için gerekli olan 239 cins proteine tekabül eden ortalama 445 amino asid birimini tek başına almak yetmez birde bunlara ilaveten 20 cins amino asitlik her bir kombinasyonu için de gerekli olan 20’nin 445’inci kuvvetlerini de hesaba katmamız gerekecektir. Ki,  hesaba katacağımız bu temel kriterlerden sayıdan hareketle en basit proteinin tesadüfen meydana gelme ihtimalinin 10⁵²⁰’de bir olduğu ortaya çıkacaktır. Şimdi gel de ortaya çıkan telaffuzu zor bu dudak uçurtucu rakamlara bakıp da halen bir takım aklı evveller tarafından biyomoleküler nizam-ı âlemin tesadüfen meydana geldiğini söylenip duruyorlarsa pes doğrusu. Bu durumda; onlar hakkında Allah akıl ve fikir versin demekten başka elimizden bir şey gelmez de.  Zira hidayet erdirici sadece Yüce Allah’tır,  bizlere bu noktada sadece yaratılış mucizesini haberdar etmek düşer.

       Tabii ki biyomoleküler âlemin bir alt birimi olan protein dünyası burada bitmiyor,  dahası var. Hatta dahasının dahası derinlerine de inmek gerekir ki biyomoleküler mucizenin ne demek olduğunu idrak edebilmiş olalım.  O halde gelin yelkenler vira vira deyip protein yüklü geminin enginlerine dalalım ki biyomoleküler limanına hep birlikte demir atmış olabilelim.  Bilindiği üzere proteinlerin yapı taşlarını oluşturan tüm amino asitlerin ana eksenini bir tek karbon atomuna bağlı bir hidrojen ve bir azot atomu oluşturmakla birlikte bunun yanı sıra bir de R grubu denen yan grup vardır ki, kendine özgü her amino asit oluşumuna radikal özellik katan bir gruptur bu. Ama şu da var ki; mesela işin içine glisin girdiğinde R grubu yerine hidrojen (H) elementi yer alırken aleninde ise yan grup olarak CH₃ (metil)  yer alır. Hidrokarbon yapısında ki diğer yan gruplara sahip amino asitler de bu noktada valin, lösin, izolösin ve prolin diye bilinmektedir. Bu arada 5 karbon (C) atomu ile bir oksijen atomundan meydana gelen halka piran halka olarak anlam kazanırken, 4 C atomu ile 1 oksijen atomu ihtiva eden halka ise furan halkası olarak anlam kazanır.

       Yukarıda da belirttiğimiz üzere R grubu atomları amino asit zincirinin hem sağ tarafında hem de sol tarafında bulunabiliyor. Bu nedenledir ki R gurubun sol tarafında bulunanlar sol elli denen L (levo) amino asitler olarak addedilirken, sağ tarafta bulunanlar da sağ elli denen D (dextro) amino asitler olarak addedilir. Mesela proteinleri oluşturan 20 amino asitten diyebileceğimiz prolin diğer aminoasitlerdeki primer amino grubu yerine sekonder amino grubu taşıdığından aslında o da bir aminoasit cinsi olarak kabul görür. Zira prolinde ki R grubu hem alfa karbona (α-C) hem de amino gruba bağlanarak siklik bir yapı oluşturmakta. Keza serin ve trosin aminoasitleri de alfatik hidroksil gruplarını oluştururlar.  Bu durumda aromatik grubuna dâhil yan gruplar ise malum üç tanedir. Bunlar fenilalanin, trozin ve triptofan üçlüsüdürler. Bu arada 22 aminoasitlerden pH’ı pozitif yüklü yan gruplara sahip aminoasitler lizin, arginin ve histidin olarak bilinip bu tip aminoasitler bazik amino asitler olarak addedilirken asidik olan amino asitlerin R (radikal)  gruplarından negatif  (-)  yüklü glutamat ve aspartat gibi aminoasitlerde tuz-anyon içeren aminoasitler olarak addedilirler.  

        Bilindiği üzere proteinleri oluşturan aminoasitler C, H, O ve N (karbon, hidrojen, oksijen ve azot) denilen elementlerden meydan gelip, bu dört değişik elementin yan halkalarına diğer aminoasit yan gruplarından kükürt (S)  elementi de eklemlendiğinde oluşacak olan sistein ve metiyon gibi amino asitler de bir başka halka örneği teşkil ederler. Ayrıca biyomoleküler alanında yapılan çalışmalarla standart amino asitlerin 20 tanesi DNA tarafından kodlanan proteinleri belirlenip 3 harfli sembollerle biyokimya literatürüne girmiş durumda da. Böylece protein sentezine DNA molekülünden başlanılmakta olduğu gerçeği ile yüzleşilip bu meyanda protein sentezinde rol oynayan 3 harfli belli başlı amino asit bileşenlerini simgesel olarak tablo halinde şu şekilde gösterilirler:

       

Amino asit ismi	Amino asit simgesi
Alanin	Ala
Arginin	Arg
Asparagin	Asn
Aspartitasit	Asp
Glutamin	Gln
Glutamin asit	Glu
Glisin	Gly
Histidin	His
İzolösin	Ile
Lösin	Leu
Lizin	Lys
Fenilalanin	Phe
Prolin	Pro
Serin	Ser
Sistein	Cys
Treonin	Thr
Triptofan	Trp
Trozin	Tyr
Valin	Val

         Methionin                                                  Met

 İşte yapılan bu biyomoleküler çalışmalar neticesinde proteinlerin hiçbir şüpheye mahal bırakmaksızın 20 değişik tip amino asitlerden meydana geldiği üçlü harf kodlamasıyla tablo halinde ortaya konulduğu anlaşılmakta.  Hatta tabloda gösterilen 20 amino aside ilave olarak birtakım değişik amino asit türevleri de eklenmiştir. Mesela; 4-hidroksiprolin bir prolin türevidir. Hakeza 5-hidroksilizin ise lizin türevidir. Fibröz kollojen yapıda ki protein ise malum bitki proteinlerin yapısında bulunmaktadır.        

        Anlaşılan o ki,  en küçük bir proteine yan dallarıyla birlikte 50 aminoasit, en büyüğünde de yaklaşık 3000 civarında amino asit eşlik etmektedir. İşte bu şekilde peptit bağları vasıtasıyla kurulan gönül köprüleri sayesinde biyomoleküler yapılar nizam bulmuş olur. Nasıl mı? Mesela insülin salgı maddesi 51 adet amino asitten meydana gelmesi hasebiyle çok mühim hormonal işlev üslenmiş konumda bir yapıya sahiptir. Hakeza yine fotosentez olayında önemli katkıda bulunan ve 97 amino asitten müteşekkil ferrodoksin proteini fotofosforilasyon reaksiyonlarında ilk elektron tutucu işlev üstlenecek bir yapıya sahipken hayvan ve bitkilerin solunumunda çok büyük öneme haiz 104 amino asitten teşekkül eden sitokrom-c proteini ise elektron taşıyıcı üstlenecek bir yapıya sahiptir.  İşte bu noktada her iki protein için hayati öneme haiz öneme can simidimiz proteinler dersek yeridir.  Tabii bitmedi, bunlara ilaveten yine protein yapıda   α (alfa)- amin asitlerden başka β (Beta) ve  γ (gama) aminoasitlerde vardır. Yetmedi mikroorganizmalar bazında protein yapılarını ele aldığımızda mesela bakteri hücre çeperlerinde D-Glutamat gibi D-izomeri aminoasitlerinin varlığını görürüz. Nitekim   β alanin,  vitamin B₁₅ diye bilinen pantotenik asidin sitrulin ve ornitin maddeleri hem üre devrinin ara bileşikleri hem de arginin sentezinin ön maddeleri olarak dikkatimizi çekmekte. İşte görüyorsunuz gerek makro düzeyde gerekse mikro düzeyde teşekkül eden protein sentezi oluşumlar öyle anlaşılıyor ki hücre alemi içerisinde gerçekleşen kompleks yapıların birer marifeti olarak karşımıza çıkmaktadır. Sanırım evrimciler bu kompleks yapıların derinden ve sessizden işleyen bu mükemmel faaliyetleri karşısında suspus kalmak zorunda kalacaklardır.  Zira ortada Yüce Yaratıcıyı hatırlatacak mükemmel bir biyomoleküler donanımın varlığı söz konusudur, dolayısıyla bir takım gerçekleri görüp de görmezlikten gelmemelerini gayet çok iyi anlıyoruz. Zaten tek taraflı medyatik veya akademik telkinlerle yetişen bu zihniyetin bir takım gerçeklere kulak kabartmayıp zihinlerini kapalı devre usulü çalıştıranların alışkanlıklarını terk etmelerini beklemek hayal olur. Biz sadece bu noktada Max Planck’ın “Hangi branştan olursan ol, bilimle iştigal eden herkes bilim mabedinin kapısında şu levhayı okuyacaktır: İman et. Çünkü inanç bilim adamının asla vazgeçeceği bir husus değildir” dediği şekliyle onların hayrına yaratılış mucizesine inanmaya davet etmek elimizden gelir, gerisi teferruattır elbet,  davete icabett ederlerse ne ala, şayet icabet etmeseler bilsinler ki kendilerini kötü bir son beklemekte, bizden söylemesi.

      Birlikten kuvvet doğar sözünün uygulamasını bizatihi biyomoleküler yapıların kendi aralarında oluşturdukları zincir halkalar üzerinde tüm detaylarını birlikte gözlemlemek pekâlâ mümkün. Şöyle ki; bazı mantar ya da yüksek bitkilerde guanidin türevi kanavanin, djenkolik asitlerin,  β veya α-amino karboksil (-COOH) ve diğer zincirin amino grubu  (-NH₂) arasında peptid (amid) bağıyla bağlandıklarında bir H₂O molekülünün açığa çıkması sonucu ortaklaşa kovalent birliktelikler gerçekleşebiliyor. Anlaşılan peptit bağı sayesinde ortaya çıkan bu ve buna benzer birçok biomoleküler yapılar “Birlikten kuvvet doğar” sözünün birinci ayağını oluştururken,  ikinci ayağını da iki amino asidin birleşmesiyle meydana gelen dipeptit (ikili kuvvet) bağı oluşturmakta. Daha sonra ortaya çıkacak olan moleküler yapılar üçlü olunca tripeptit (üçlü kuvvet), dörtlü olunca tetrapeptit (dörtlü kuvvet), çoklu olunca polipeptit (çoklu kuvvet)  halkalarına dönüşen yapılar olarak karşımıza çıkıp böylece bu sayede protein sentezinden maksat hâsıl olur da.  Belli ki bu tür halka oluşumlar tesadüfen oluşmuş sıradan oluşmuş halkalar değildir, bilakis belli bir gayeye yönelik biyomeleküler nizamın oluşuna yönelik halkalardır. Şöyle ki zincir halkasında yer alan tek bir amino asidin bile kazaen yanlış bir yerlere bağlandığını varsaydığımızda biyomoleküler yapıda onarılması zor yaralar açacağı muhakkak. Bu yüzden biyomoleküler nizam-ı âlem için her bir halkasında matematiksel bir programı bünyesinde barındıran bir sistemin adıdır dersek yeridir. Malum matematiksel program kazaya uğradığında mesela orak hücreli anemi alyuvarlar içerisindeki hemoglobin proteininin 574 amino asidin 19 türünden sadece birinin farklı olmasından ileri gelen veya genç yaşta bile ölüme sürükleyecek nitelikte bir takım biyomoleküler düzeyde yanlış bağlanmalar neticesinde bir maraz arıza olarak ortaya çıkabiliyor. Dolayısıyla en ufak yanlış bağlanma biyomoleküler düzenin bozulması demek olacaktır.

       Bir polipeptit zincirinin serbest halde bir amonyum (-NH₂) oluşumuna karşılık ayrıca buna ilaveten bir de karboksil (COOH)  grubu vardır.  Ki;   bu zincirin uçtaki serbest terminal amonyum grubu “N-terminal grub” olarak karşılık bulur. Böylece her iki grup bir araya geldiğinde NH₃ COO^- şeklinde sembolize edilirler.

      Evet, tüm bu anlatılanlardan ki her ne kadar amino asit zincirlerin teorik olarak nasıl meydana geldiklerini izah etmek mümkün gözükse de işin içine pratik girdiğinde kazın ayağı hiçte öyle değil,  en basit yapıda bir proteini bile laboratuvar şartlarında meydan getirmek mümkün gözükmemektedir.  Öyle ki:

        “ - Dünyanın ilkel atmosfer şartlarına benzer birebir şartlar oluşturulsa da,

          -20 cins amino asidin tamamının en optimal şartlarda meydana gelmiş olsa da,

          -Proteinler sol elli tarzda dizayn edilmiş olsalar da,

          - Bir canlının yaşaması için gerekli 239 cins proteine tekabül eden ortalama 445 amino asit birimi sağlanmış olsa da,

          - Amino asitlerin yapı taşlarını oluşturan atomların amino asitlerin oluşumunda eksiksiz bir şekilde kullanılmış olsa da,

          -Her türlü ultraviyole ışınların zararlarına karşı korunaklı ortam sağlanmış olsa da,

          -Amino asitler birbirleriyle otomatik olarak sentezlense de,

          -Oluşacak zincirlerin gerektiğinde yer değişikliğini yapabileceği gerektiğinde işe yaramayacağı sezilen zinciri bozup yenisinin kurulabileceği zincir şartları oluşturulsa da” yine de en basit bir canlı için 239 cins proteinin tesadüfen bir araya gelme ihtimali koca okyanusta kaybolan bir inci tanesini bulmaya kalkışmak gibi çıkılmaz bir durumla karşı karşıya kalınacaktır.   Dahası dünyanın yaşını yaklaşık 5 milyar, evrenin 15 milyar düşündüğümüzde herhangi bir proteinin tesadüfi eseri olarak meydana gelme ihtimali 10⁴¹ gibi dudak uçurtacak bir rakamla karşı karşıya kalmak anlamına gelir ki,  icabında bu rakamı 100 milyarlar üssü rakamlara tekabül eden ihtimali katsayılarla da  kategorize edebiliriz pekala.. Kaldı ki ortaya konacak rakamlar ortalama 445 amino asit birimi içeren bir protein sentezi için öngörülecek bir ihtimal hesabıdır.  Allah bilir ya, bu tip değişik kombinasyona haiz protein oluşumlarının her birini hesap etmeye kalkıştığımızda kim bilir hangi işin içinden çıkılmaz manzaralarla karşılaşacağızdır. Muhtemeldir ki bu durumda 20 cins amino asidin her bir kombinasyonu için 20’nin 445 ‘inci kuvvetini almamız icap edecektir. Ki, bu sayı takriben 10⁵²⁰ gibi aklı karaya oturtacak cinsten ihtimali bir rakam olacaktır. Anlaşılan o ki, bütün hesaplamalar sonucunda ortaya çıkacak trilyonlu rakamların evrene sığmayacağı gözükecektir,  zaten sığmaz da. Evrimciler kafalarında ne düşünüyorlardır onu bilemeyiz, ama bilinen bir şey vardır ki o da malum “Yanlış hesap Bağdat’tan döner” gerçeğidir. Yaratılış mucizesini inkâr edenlerin kafalarında uydurdukları bir hesabı varsa, Allah’ın da şaşmaz mucizevi hesabı vardır elbet. Bizim buna inancımız tam olup, asla şek şüphe duymayız da.

      Proteinlerin moleküler yapısı

      Malum olduğu üzere proteinler amino asitlerden meydana gelen hayati moleküllerimizlerdir.  İşte bu hayati öneme haiz biyomoleküller aynı zamanda canlılığın yapı taşlarıdırlar. Hakeza hücre yapıların ve görevlerini belirleyen tüm biyomoleküler yapıların temelini de proteinler oluşturmakta. Hatta protein sentezini gerçekleştiren genetik bilgide DNA molekülünde kodludur. İşte bu DNA kodu sayesinde canlı vücut bulup iri ve diri olmakta. Dolayısıyla bu gerçekler ışığında protein moleküllerinin her biri tesadüfe meydan vermeyecek bir şekilde mükemmel bir donanımla donatılmış olması biyokimyacıları ve biyologları hayretler içerisinde bırakabiliyor. Nasıl hayretler içerisinde bırakmasın ki, baksanıza canlılarda en elzem bulunması gereken Sitokrom-C proteinin tesadüfen meydana gelebilmesi sıfır ihtimal gözükmektedir. Yine de bir kısım aklı evveller sıfır ihtimalden bile medet umup kendi kendilerine gelin güvey olaraktan pişkin pişkin “proteinler tesadüfen meydana gelmiştir” işgüzarlığına kapılabiliyorlar. Oysaki onca proteinler içerisinden tek bir proteinden canlının kendi kendine evrimleşerek teşekkül ettiğini iddia etmek bile abesle iştigal akla ziyan bir tutum olacaktır.  Hem bu hangi akla hizmet etmekse ortaya attıkları deli saçması evrim tezlerini mükemmel donanımlı kompleks yapılara ümitlerini bağlamak yerine nerede daha basit daha ilkel yapılar varsa ümitlerini hep bu zayıf yapılara bel bağlamış durumdalar. Onlar tüm ümitlerini ve heveslerini neye bağlarsalar bağlasınlar sonuçta biyomoleküler yapı bakımdan proteinlerin her birinin polimer yapıda zincir olarak karşımıza çıkacağı gerçeğini değiştiremeyeceklerdir. Kelimenin tam anlamıyla bunun anlamı proteinlerin her birinin yüzlerce, bazen binlerce amino asit içeren dev moleküllerden meydana geldiği gerçeğidir. Nitekim değişik sayıda amino asitlerin bir araya gelerek protein zincir oluşturmaları kayda değer mühim bir hadisedir.  Nitekim yukarıda bir nebze değindiğimiz gibi amino asitler kendi aralarında birleşecekleri sırada zincirin bir ucundaki karboksil (-COOH)  grubu diğer ucunda konumlanmış amino grubu (-NH₂)  ile aralarında peptid (amid) bağı oluştuğunda açığa birer su molekülü de ortaya çıkmış olur. Yani bu demektir ki karboksil grubunun hidroksil (OH) ve diğer amino grubun hidrojeni (H) ile birleşmesiyle birlikte ab-ı hayat su (H₂O) ile yüzleşmiş oluruz.

         Evet, bir insanın proteinlerden vücut bulmasına şaşmamak gerekir.  Hele ki bilimsel çalışmalarla DNA gerçeği ile doğrudan yüzleşildikten sonra artık çok rahatlıkla şunu söyleyebiliriz ki bir insanın proteinlerin vücut bulması demek, aynı zamanda insanın yaratılışı DNA molekülüyle start aldığı anlamına gelir. Zira Yüce Allah (c.c)  bu meyanda “İnsanı yaratmaya çamurdan başladı” (Secde, 7) ayetiyle beyan buyurduğu çamurdan maksat biyomoleküler balçık protein anlamında DNA’ya karşılık gelen vücut bulma mayasıdır.  Hem kaldı ki proteinlerin vücut biyokimyasının mayasının en önemli misyonu her türden hücre ve dokuya yapı malzemesi (plastik unsur) olarak katkı sağlamaktır. Böylece yaratılış çamur mayamızı teşkil eden bir takım minerallerden 30 kadarının vücudumuza konuşlandırılıp ve bunlardan sindirilebilecek organik gıdaların sentezine geçiş yapmakla protein senteziyle oluşan hücre ve dokulara yapı malzemesi sağlanmış olunur.  Peki, tüm bu biyomoleküler alt yapı oluşumlar iyi hoşta, bu süreçte daha hangi başka biyomoleküler yapılar da eşlik etmektedir acaba? Bu sualin cevabını ancak amino asitlerin polimerizasyon ürünü diyebileceğimiz protein moleküllerinin 3’lü ya da 4’lü yapılar şeklinde kendi aralarında kaynaşarak oluşturdukları birbirlerini tamamlayıcı zincirimsi yapıların ortaya koydukları birlikteliklerle izah edebiliriz. Zira söz konusu halkaların ortaya koydukları birliktelikler sayesinde birincil yapı, ikincil yapı, üçüncül yapı ve dördüncül yapılar olarak halka oluştururlar da. İşte bu türden zincirlemesine oluşan halkalar aynı zamanda atalarımızın  “Bir elin nesi var iki elin sesi var” şeklinde dile getirdikleri atasözünü de teyit eden bir birlikteliklerdir.   Dolayısıyla bu söz konusu biyomoleküler halka yapılar bilim diliyle ifade edildiğinde birkaç molekülün bir araya gelmesinin sonucu kompleks moleküllerin oluşumuna yelken açmak şeklinde karşılık bulacaktır. Şöyle ki; ilk oluşumda belirli aminoasitlerin belirli sayıda ve belirli sıralanışa göre peptit bağlarıyla birleşmesi neticesinde birincil yapılar (öncü yapılar) teşekkül etmektedir. İkinci oluşum ise polipeptit zincirinin molekül içi birkaç polipeptit molekülün peptit bağları arasında veya peptit bağların amino ve karboksil grupları arasında karşılıklı bağlanmalar neticesinde konformasyon protein molekülünün ikincil yapısı olarak teşekkül edecektir.  Böylece ikincil yapı formatında bir protein molekülü basit halden daha kapsamlı ve daha kompleks yapılara dönüşümü gerçekleşmiş olur. Bunlar arasında en dayanıklı konformasyonlar hiç kuşkusuz polipeptit zincirin üzerinde dizili halde bulunan amino grupların hidrojen (H) bağlarıyla köprü oluşturanlardır. Zira oluşumla birlikte belli başlı iki çeşit konformasyon meydana gelip, bunlar   α-helezon ve  β-konformasyonu diye kategorize edilirler.  Örnek verecek olursak mesela ikincil yapının α-helezon ve  β-konformasyonu özellikle fibriler proteinlerde daha sıkça görülen yapılar olarak gözükmekte. Hakeza hidrojen bağları aynı zamanda protein moleküllerin karşılıklı amino karboksil gruplarından başka serbest karboksil grubu ile diğer bir amino asidin serbest karboksil karbonu veya histidinin imidazol azotu arasında köprü kuran bir yapıdır. Dolayısıyla ikincil yapının α-helezon ve  β-konformasyon gösteren proteinlerin komşu polipeptit zincirlerine hidrojen bağları, iyon bağları ve apolar çekim kuvvetleri vasıtasıyla bağlanmışlardır. Bu yüzden hidrojen bağların meydana gelmesiyle oluşan bir veya birkaç polipeptit zincirin kendi amino ve karboksil grupları arasında düşey bir eksen etrafında helezonik kıvrılma tarzında oluşan konformasyona ikincil yapının  α-helezon konformasyonu denmektedir. Birkaç polipeptit zincirleri arasında hidrojen (H) bağlarının teşekkülü ve karbon-2(C-2) atomundaki R gruplarının aynı ve zıt yönde sıralanması dizilimleriyle oluşan konformasyona ise ikincil yapının β-konformasyonu veya kırmalı tabaka yapısı adı verilmektedir. Örnek mi?  İşte   α-helezon konformasyon için miyozin, fibrinojen ve α-keratini ile β-konformasyon için ipek fibrini ve β-keratini bunun birer bariz örneklerini teşkil eder zaten

   Üçüncül yapı

   Helezonlaşmış ve bükülmüş polipeptit zincirinin kendi üzerine yumak tarzında katlanmasıyla üçüncül yapı meydana gelir.  Dolayısıyla bu şekilde katlanmış proteinler globüler proteinler olarak addedilir.  Bu durumda üçüncül yapıyı meydana getiren gerek hidrojen bağları,  gerek Wanderwals çekmeleri,  gerek iyon bağları ve gerekse kovalent bağlar sayesinde organizmamız herhangi bir yerden karbonhidrat molekülü almadan sadece bazı Pirüvik asit, gliserol ve aminoasitlerin başka maddelerden temin ettikleri maddelerle glikojenik oluşumlar gerçekleşebiliyor. Ki; bu yapısal oluşuma glikozun yeniden yapımı anlamında glukoneogenez denmektedir. Yapım işlemi esnasında glikozun meydana gelen ilk bileşiği Glikoz 6 fosfat (Glikoz-6-P)’dır. Ayrıca karaciğerde glikozun Glikoz–6-P’a çevrilme reaksiyonunu kataliz eden iki enzimin varlığı söz konusudur ki,  bunlar heksokinaz ve glikokinaz olarak bilinen enzimlerdir. Anlaşılan karaciğer tarafından üretilen glikokinaz enzimi glikozun glikojene dönüşümünde rol oynayıp, heksokinaz ise glikoliz olayında glukoz 6-fosfat inhibitörü olarak görev yapmaktadır. Hatta kas dokusunda Glikoz-–6-P’ın teşekkülünde sadece heksokinaz enzimi rol oynamaktadır.  O halde bu durumda yeri gelmişken protein molekülünün ikincil ve üçüncül yapıları arasındaki farkı şöyle özetleyebiliriz:

      -İkinci yapıda helezonlaşma ve bükülme söz konusu iken, üçüncü yapı proteinlerinde yumak tarzında katlanma vardır.

      -İkincil yapı sabit ve kararlı olmazken, üçüncül yapı ise sabit ve kararlı haldedir.

     Dördüncül yapı

     Üçüncül yapıyı gösteren bazı polipeptit veya proteinlerin alt birim ( protomer) adı verilen monomer şekillerinin ikişer zincirli hidrojen bağları ile diğer Van Der Waals çekimlerii veya iyon çekiumlerinin etkisiyle uç uca eklenerek teşekkül eden tetrahedral zincirin polimerize olması sonucunda dördüncül yapı meydana gelir. Örnek: Hemoglobin molekülü.

          Anlaşılan o ki; biyomoleküler yapılar tesadüf üzerine kurulu yapılar değillerdir. Düşünsenize bir lise çağında bir gence bir torbaya 1’den 10’a kadar yazılı rakamlardan ibaret zarları koyduğumuzda çekeceğiniz ilk rakamın 1 olma ihtimalini sorduğumuzda elbette ki 1/10 olduğu cevabını verecektir.  Yine 1 ve 2 rakamların aynı anda çekme ihtimalinin 1/100 (10x10=100) ve 1, 2, 3 rakamlarının ise 1/1000 (10x10x10x10=1000) olduğunu söyleyecektir. Keza tüm rakamları sırasıyla çekme ihtimalininse 10 rakamının 10’cu kuvveti olan 10 milyar gibi bir rakama tekabül eden bir sayı olduğunu görürüz. Bu demek oluyor ki bizatihi rakamların dili inançsızlığa geçit vermemektedir. O halde yaratılışı inkâr niye?

       Velhasıl-ı kelam; yaratılış biyomoleküler nizam-ı âlem mucizesini inkâr edenler ne kadar inkâr ederseler etsinler hakikat güneşini asla  balçıkla sıvayamayacaklardır.       

        Vesselam.

     https://www.enpolitik.com/kose-yazilari/biyomolekuler_nizam-i_lem-6289.html

ELEMENTLER DÜNYASI

 

ELEMENTLER DÜNYASI

         SELİM GÜRBÜZER

Kâinatı bir kitap olarak düşündüğümüzde, bu kâinat kitabının alfabetik harflerinin de hiç kuşkusuz elementler olduğunu düşünmemiz gerekecektir. Şurası muhakkak biyokimyanın temelleri de elemente dayanmakta. Dolayısıyla biyokimya âlemin element yönünü bilmeden hem abiyogenez hayatı hem de biyogenez hayatı anlamak mümkün olmayacaktır. Bilindiği üzere organik bileşikler için gerekli karbon (C), azot (N), oksijen (O)_, hidrojen (H) ve kükürt (S) gibi elementler sadece kâinat kitabının elementleri olarak değil aynı zamanda amino asitlerin yapı taşları olarak da karşımıza çıkmakta.

       İşte biyokimya düzeninde rol oynayan elementlerden bazıları:

       C (karbon) 

       Dünyada ne kadar organik madde varsa hemen hepsinin karışımında karbon maddesi vardır. Havadan alınan oksijen sayesinde insan ve hayvan bedenine alınan besinler yavaş yanmaya tabi tutulup bunun sonucunda dışarı karbondioksit verilmektedir. Şayet havada karbondioksit maddesi çoğalırsa tehlike arz edebiliyor. Neyse ki bitkiler karbonu zararsız hale getirecek faaliyetlerde bulunarak bu kıymet değer maddeyi dengede tutup yüreklere su serpmektedir. Nitekim klorofil içeren bitkiler havaya karışan karbondioksiti ışık enerjisi yardımıyla nişastaya çevirebiliyorlar. Böylece bitki bünyesinde biriken nişasta hayvanlara gıda olmaktadır. Hakeza insanoğlu da hayvan etlerini yemekle sunulan bu ziyafet sofrasından nasibini alıp, bir şekilde o da karbon döngüsünün içerisinde yer alır. 

      O (Oksijen) 

      İnsan vücudu dakikada 250 ml oksijene ihtiyaç duyduğuna göre bu atomun önemi bin kat daha artmaktadır. Hatta insanın fazlaca efor sarf ettiği durumlarda bu ihtiyaç daha da artmaktadır. Kaldı ki solunum yoluyla aldığımız oksijeni kana vermek ve kanın hücrelerden topladığı karbondioksiti dışarı atmak akciğerin işi olsa da, ortamda oksijen yoksa akciğer ne yapsın, dolayısıyla oksijensiz hayat bir anlam ifade etmez. Baksanıza teneffüs ettiğimiz havaya bile ölçü tayin edilmiş. Mesela atmosferde oksijen %21’in üzerinde olsaydı yeryüzünde yanabilecek olan hemen her şey tutuşup duman olacaktı. Ya da tam tersi  %21’in altında olsaydı oksijensiz kalan beynimiz şuur kaybına uğrayıp ölüm kaçınılmaz olacaktı. Hakeza farzımuhal var sayalım ki kan dolaşımı birkaç dakikalığına ara verdi, bak o zaman kızılca kıyameti. Çünkü oksijen ancak yanıcı maddelerle birleştiğinde ateş var olmakta.  Hatta bu iş için her dakikada vücuda alınan gıdaları yakmak adına 400 santimetre küp oksijen kullanıp karşılığında habire karbondioksit açığa çıkartıyoruz. Anlaşılan oksijenin ateşlenmesiyle hayat enerjisi doğmakta, yani sindirim vasıtasıyla aldığımız yanıcı maddeler yakıcı oksijenle yanarak anlam kazanmaktadır. Böylece yanıcı ve yakıcı maddeler kanımız tarafından buluşturulup adeta nikâh edilirler. Derken nikâhı kıyılan çiftlerin reaksiyona girmesiyle birlikte hayat enerjisi elde ederiz. Tabiî ki bu reaksiyon biyoloji dilinde oksidasyon olarak tarif edilir. Hatta bu tarif doğrultusunda oksidasyonla mitokondrilerde bulunan bir takım enzimler katalizör görevi yaparak hayat enerjisine renk katmış olurlar. Ayrıca hayat enerjisinin dışında oksijenin glikozla birleşmesi sonucunda karbondioksit ve su açığa çıkmaktadır. Üstelik organizma içerisinde var olan serbest enerji heba edilmiyor da. Peki, heba edilmiyorsa ne oluyor derseniz, malum serbest enerji ATP veya bir fosfat bileşiği şeklinde depo edilir. Yani, ihtiyaç hâsıl olduğunda başvurulacak enerji kaynağı olarak tutulup,  tutulan bu enerji yaklaşık 700 kalorilik bir değere tekabül etmekte. Derken canlılarda can ne ise cansız maddelerde de enerjinin o demek olduğu gerçeği ile yüzleşmiş oluruz. Her ne kadar enerji formüllerinden bihaber olsak da enerjinin varlığını idrak etmemiz biz bir noktada element dünyasının da önemini kavramamıza ziyadesiyle yetecektir elbet. Yani bir yerde enerji varsa element var demektir,  ya da element varsa enerji de var demektir bu.

        Azot 

       Azot atmosferde %79 oranında bulunmasına bulunurda ama onu doğrudan alamayız.  Böylesine önemli bir elementi zaten doğrudan alabilseydik belki de yememize içmemize de gerek kalmayacaktı. Belli ki azot kolay kolay başka maddelerle reaksiyona girip birleşemiyor, dolayısıyla oksijen gibi akciğerimizle ve damarlarımızda dolaşan kanla doğrudan bağlantı kurup bağlanamamakta. Azot canlı hayatımıza katkısı toprağın gübrelenmesinde ve tohum örneklerinin saklanmasında daha çok işe yaramakta. Malumunuz tohum örnekleri sıvı azotla -196 santigrat derecede dondurularak muhafaza edilebilmekte. Öyle ya, madem hayati öneme haiz bir takım tohum örnekleri sıvı azot sayesinde muhafaza edilebiliyor, o halde çok değişik türden besinler almalı ki bu kıymet değer elementi vücudumuza alıyor olabilelim. 

      Mg (Magnezyum) 

      Magnezyum klorofil maddesinin tam merkezinde bulunup fotosentez olayında çok mühim rol oynayan bir elementtir Belli ki klorofil zincirinin merkezinde tek atom özelliğine sahip olması bu elementin önemini daha da bir artırmış gözüküyor. Zaten böylesi kıymet değer bir elementin klorofilin merkezinde yerini tutacak herhangi bir elemente rastlanılmaması bu durumu doğrular niteliktedir. Nasıl ki otomobilin kalbi sayılan motor olmadan sürücü hareket edemiyorsa, klorofilin kalbi diyebileceğimiz magnezyum elementi olmadan da bitkinin hayatiyet kazanamayacağı muhakkak. Magnezyum her ne kadar merkez konumda kalbi bir madde olsa da şu da var ki canlıların yaşadığı katmanlarda minimum düzeylerde seyretmektedir. Hakeza Mg (magnezyum) hafif elementler grubundan olmakla birlikte biyosfere yakın tabakalarda az miktarda mevcut olup,  litosferin katılaşmış tabakalarında yüksek sıcaklıklarda ergimesi sonucunda daha derinlerde kristalleşmiş mineral halde bulunmaktadır. Neyse ki tahıl grubunun buğday danelerinde 231 mg magnezyum bulunmakla beslenmemizde can yoldaş olmakta.      

         Kükürt (S) 

        Tabiatta bulunmakla birlikte aynı zamanda proteinlerin ve önemli biyolojik bileşiklerin yapısına giren bir element olarak dikkat çekmektedir.

        Cl^-  (klor) 

        Hayvanlarda özellikle hücre içi ve hücre dışı anyon elementi olarak gözüken bir elementtir.

        Potasyum (K⁺)

        Hücre içerisinde en önemli katyon elementidir. Hatta bitki öz suyu ve kanda erimiş halde bulunan potasyum, belli ki hayat için önemli bir fonksiyon üstlenmiş durumda. Keza sodyum elementi de öyledir.

       Kalsiyum (Ca) 

       Kemiklerin en önemli yapısal bileşenini oluşturan elementtir.

       Mn    (Manganez)

       Bazı enzim aktiviteleri için gerekli olan elementtir.

       Fe (demir) 

       Demir özellikle kan hücreleri için önemli bir metal iyonu elementtir. Bilindiği üzere anne sütü demir yönünden fakir veya hiç denecek derecede bir ak sıvı özelliği taşımakta. Bu yüzden Yüce Allah bebeğin daha doğmadan anne karnında alması gereken demirin bir kısmını ceninin karaciğerinde muhafaza altına almıştır. Böylece dünyaya gelen çocuk ilk altı ay bölümünü bu depodan karşılamaktadır. Derken bu sürenin bitiminde depolarda demir kalmasa bile çocuğun artık sulu yiyecekler yeme safhasına geçmesinden ötürü bu meselede kendiliğinden çözülmüş olur zaten. Anlaşılan demir sadece tabiatta değil, kan dolaşımının da var olan potansiyel hammadde bir cevherdir.  Hele bilhassa demir elementinin hemoglobin ve birçok enzim yapılarında bulunması hasebiyle oksijenin taşınmasında etken bir unsurdur. Bilindiği üzere bir zamanlar Güney Avustralya’da ortaya çıkan sahil hastalığı koyunların baş belasıydı, neyse ki gel zaman git zaman bu hastalığa demir elementi çare olabilmiştir. Şöyle ki; çok uzaklardan getirilen demir cevherine kobalt ilave edilip koyunlara yalatılması sonucunda bu hayvanlar sahil hastalığın üstesinden gelebilmişlerdir. Meğer bu hastalığa şifa kaynağı olacak gizem kemikten izole edilen B₁₂ vitaminin yapısında bulunan parlak kırmızı kristalli kobalt (Co)  elementinde gizliymiş. Öyle ki sağır dilsiz sandığımız kobalt elementi, etrafında yer alan atomlarla adeta el ele, gönül gönüle verip kan yapmak adına onlarla birlikte hayati bir bağ oluşturabiliyor. Nitekim 1957 yılında Nobel ödülü alan Biyokimyager Baron Alexander Robertus Todd’un çalışmaları sayesinde B₁₂vitaminin merkezinde yer alan kobalt ve çevresinde ki dört pirol birimden oluşan çekirdekli bu yapının aydınlatılması her şeyi izah etmeye ziyadesiyle yetmiştir.  Bu demektir ki kobalt (Co)  elementinin tipik özelliği çevresindeki atom veya atom gruplarını adeta bir mıknatıs gibi kendine çekip hayati öneme haiz misyon üstlenmiş olmasıdır. Nitekim Yüce Allah (c.c)  bu hususta; “…Bir de kendisinde hem çetin bir sertlik, hem de insanlar için menfaatler bulunan demiri indirdik (çıkardık)” (Hadîd, 25) diye beyan buyurmakla demirin önemine işaret eder. 

       Bakır (Cu⁺⁺) 

       Tıpkı demir elementine benzer görevler üstlenen, aynı zamanda hem proteinlerin yapısına hem de oksidatif enzimlerin yapısına girebilen bir elementtir. Belli ki kanda gerekli miktarlarda elementler mevcut olsa da bakır veya vanadyumun her an demirin yerini alması imkân dâhilindedir. 

      Molibden, manganez ve bakır metalleri toprakta azotun tespiti yönünden hayati öneme haiz elementler olarak karşımıza çıkmaktadır.

      Selenyum 

      Bitkilerin gelişmesinde önemli katkıları olan bir elementtir.

      Zn⁺⁺ (çinko) 

      İnsülin komplekslerinde bulunan birçok enzimin aktivitesinde gerekli olan eser elementtir.

      Fosfor(f)

      Biyokimyasal sentez ve enerji aktarımı için vazgeçilmez element olduğu kadar birçok makro moleküllerin yapısına da giren bir maddedir. Fosfor elementi muhtemeldir ki sadece dünyada bulunan bir iz element olup, hatta tüm organizmaların yapısını destekleyecek nitelikte hayati fonksiyona sahip özellikte bir maddedir. Dolayısıyla bitkiler daha fazla karbon, hayvanlar ise daha çok fosfor bulundurur. Nitekim bitkilere dayanıklılığı selüloz sağlarken, hayvanlarda bu dayanıklılığı kalsiyum fosfat sağlamaktadır. Anlaşılan fosfor elementi tıpkı magnezyum gibi litosferin derinlerinde yer alıp biyosfer için yegâne tek besin kaynağı özelliğini koruyabilen element olarak sahne almakta.

      Flor 

      İz elementler arasında son derece müstesna bir yeri vardır.  Nitekim kalsiyum fosfatın hidroksil (OH) grubu ihtiva eden maddeyle temas sonucu flor elementi ile yer değiştirdiğinde hayvanların diş minerallerini oluşturan sert bir madde meydana gelebiliyor. Doğrusu bu işi tek başına flor elementin başardığını söyleyebiliriz. Zira diş gibi bazı kemik yapılarında az miktarda flor bulunması bunu teyit ediyor zaten. Dolayısıyla flor olmadan dayanıklı bir diş yapısından bahsetmek mümkün değildir.     

       Si (silisyum)

       Özellikle Diatomların yapısında karbona en çok benzeyen element hiç kuşkusuz silisyum elementidir. Fakat silisyumun karbon atomuna benzemesi demek karbon gibi canlı maddelerin yapısını teşkil eden bileşik oluşturması demek değildir. Çünkü silis elementi etrafına takriben on iki civarında elementin yaklaşmasına izin verip, bunlar arasından mesela silisyumdioksit (SiO₂) veya kuvars türü şeklinde sadece tek bir zincir bağ içeren bir katı madde bileşiğine dönüşebiliyor. Yani kayaların silisyum elementiyle oksitlenmesi (silisyum oksijen birleşmesi) sonucu silikatlar meydana gelmektedir. Ayrıca yeryüzünde silisyum bolca bulunmasına rağmen suda az eriyebildiklerinden dolayı biyolojik hayatta ancak minimum düzeyde kala kalabilmiştir. Hakeza demirde öyle olup, daha çok endüstriyel alanında iş elementi olarak görev yapmakta. Yine de biyokimya sahasında üstünlüğün hala karbon elementinde olduğunu söyleyebiliriz. Zira karbon yüzlerce, hatta binlerce zincir oluşturma kabiliyetinde olan bir elementtir. Belli ki karbon elementi bu hünere sahip olmasaydı biyokimya ile alakalı sayısını bilemediğimiz nice on bini aşkın kimyasal reaksiyonlar kararlı hale gelemeyecekti.     

       I (iyot) 

       Soframıza damak zevki katan en hayati öneme haiz elementimizdir. Öyle ki bu kıymet değer element için deniz altında yaşayan kahverengi veya kırmızı algler, süngerler ve mercan vs. gibi deniz ürünleri deniz suyu içerisinde ki iyodu, diiodo tyrosine çevirmekte adeta yarışır halde faaliyet sergilemekteler. Her şeye rağmen yine de iyot dünyada eşine pek az rastlanır diyebileceğimiz elementler arasında yer alıp bu durum çok kayda değer bir element özelliğini ortaya koymakta. Zira 55 ton deniz suyundan ancak bir gram iyot elde edilebiliyor. Neyse ki kara sathına yayılmış gözüken bir takım kayaların içeriğinde de yaklaşık ton başına 1 gramın 1/3’i kadar iyot içermesi sayesinde biyokimyasal ihtiyaç bir nebze olsun giderilebilmekte. Hele şükür Şili’de doğal iyot yataklarının bolca bulunması insanlığı daha da rahatlatmaktadır. Anlaşılan o ki, memeli hayvanların çoğunda bulunan elementlerin en ağır olanı I (iyot) elementi olsa gerektir. Aynı zamanda iyot elementi tiroit hormonunun en önemli bir bileşiği olma özelliğine de sahiptir. Hatta iyot sadece yüksek canlılarda değil, amfibyalar (kurbağa vs.) tarafından da kullanılmakta. Hakeza kalay ve molibden de öyledir.  Nitekim iyot olmaksızın yavru larvalar kurbağa haline dönüşemeyecektir. Tüm bu olumlu özelliklerine rağmen birçok ağır maddeler gibi iyot elementinin de yumuşak karnı toksik tesir yapmasıdır. Mesela biyokimya analizleri sonucunda iyodun yüksek değerde çıkması guatr zehirlenmesi anlamına gelmektedir. Bir zamanlar insanoğlu zehir kelimesini duyunca ürperse de, gün geldi tiroidin keşfetmesiyle birlikte bu endişe bir nebze olsun giderilebilmiştir.  

     Biyokimya düzeninde rol oynayan çözeltiler

     Hayat galiba çözmek ve bağlamak üzerine kurulu.  Bir Allah dostuna sormuşlar mesleğiniz ne diye. O da çözmek ve bağlamak diye cevap vermiş. Tekrar merak edip çözmek ve bağlamak nasıl bir şey diye sual ettiklerinde, o Piri fani zat bunun üzerine bu kez; “Biz bize gelenleri dünyadan çözer ahirete bağlarız” demiş. Gerçekten de çözme ve bağlama işlemleri biyokimya düzeninde sıkça görülen hadisedir. Mesela birçok bileşikler toprağın bağrında veya değişik usullerle çözünerek hazır hale getirilen element bileşikler canlılara hayat kaynağı olabiliyor. Nitekim biyokimya analizleri yapılırken bir veya birkaç maddenin diğer bir madde içerisinde dağılması gerçeği ile karşılaşırız ki bu olay dispersiyon çözünme olarak anlam kazanır.  İşte bu nedenledir ki dağılmış parçacıklara disperfaz denirken bunların içerisinde dağılan maddeye ise dispersiyon adı verilmektedir. Hatta dağılan parçacıkların büyüklüğüne göre ise üç çeşit dispers sistem vardır ki, bunlar:

-Gerçek çözeltiler,

-Kolloidal çözeltiler,

        -Kaba süspansiyonlar olarak tasnif edilirler.

       Bilindiği üzere her sıvı çözeltisi aynı hedefe yönelik hizmet etmez. Yani suyun etkisi başka, bir diğer bileşiğin etkisi başkadır. Ama şu bir gerçek, ideal hayat için en iyi eritici (solvent) veya çözücü sıvı hiç şüphe yoktur ki sudur. Belki suyun yerini tutabilecek nitelikte kısmen formamid sıvısı gözükse de bu sıvının yeryüzünde kullanılmayacak derecede veya az kararlı bir yapıda olması, onu devam eden bir hayat için ideal bir konumdan uzak kılmaktadır. Hakeza amonyakta solvent özellikte sıvı olmasına rağmen, sürekli düşük sıcaklıklarda muhafaza edilmesine gerek duyulduğundan dolayı bu söz konusu gaz sıvısı da pek ideal bir sıvı çözeltisi sayılmaz. Hatta hidrojen florür sıvısı da su gibi iyi bir çözelti olmasına çözücüdür ama maalesef bu sıvının karşısına çıkan ilk çıkan herhangi bir maddeyle çok kolaylıkla reaksiyona girebilme özelliğinin doğurabileceği birtakım sakıncalardan dolayı elbette ki o da suyun yerini tutmaz gibi görünüyor. Belli ki yeryüzü standartlarına en uygun şartları sağlayan sıvının su olduğu anlaşılıyor. Bu yüzden su çözücüsünün çözeltilerin şahıdır dersek yeridir.  

        Peki ya karbondioksit bu noktada ne icra eder derseniz,   bu noktada bir tür karbon deposu olarak hayata çeki düzen veren paha biçilmez bir molekül olarak dikkat çeker dersek yeridir Tabii onu değerli kılan alt yapısının güçlü olmasıdır. Şöyle ki; bir element protoplazmanın bileşiğini meydana getirecekse bu elementin kimyasal reaksiyon yeteneğine sahip olması yetmez, ayrıca su içerisinde kolaylıkla eriyebilme nitelikte olması da gerekir. Mesela karbon bunun en iyi örneğini teşkil edip, bikarbonat iyonu ve karbondioksit (CO₂),  su içerisinde en iyi şekilde çözünebilen maddeler olarak dikkat çekerler. Zaten karbonun hayat kaynağı olabilmesi için mutlaka en iyi eritici (solvent) özellikte olan tek başına suyun varlığı icabında yetmez gaz halinde bir bileşiğe de ihtiyaç vardır. İşte bu ihtiyacın gereği karbondioksit bileşiği, karbonun oksijen yönünden en bereketli oksidi şeklinde sahne alır da.      

        Bu arada gerçek çözeltilere mutfak tuzu (NaCl) ve glikozun su içerisinde erimiş halde bulunan çözeltilerini de örnek verebiliriz pekâlâ.  Hatta örnek vermekle kalmayıp bir takım çözelti tanımları yapmamız gerekir. Nitekim çözelti dünyasında akıcı olan kolloidal çözeltilere sol, peltemsi ak yapıdaki çözeltilere ise jel denmektedir. Mesela protein jel türünden bir çözeltidir. Çok sayıda küçük moleküllerin bir araya geldiklerinde adından Assosiasyon kolloid söz ettirirken, kolloidlerin çekmesine engel olan diğer kolloidler ise koruyucu kolloid olarak adından söz ettirirler. Keza nötral yağlar ve diğer lipitler de kanda kolloidal çözülme sonucu veya proteinlerin koruyucu kolloidal etkisiyle meydana gelmektedir. Tanımlamalara devam ettiğimizde birkaç molekülün moleküller arası kuvvetle meydana getirdiği daha büyük parçacıklara misel adı verildiğini görürüz. Örnek olarak mesela protein ve nükleik asitler miseller olarak da addedilirler.  

      Şu da bir gerçek bir takım moleküller; iyon ve küçük moleküllü maddeler haline dönüşerek kapiller duvarlardan doku sıvılara kolay geçiş yapabiliyorlar da. Ancak bir istisnası durum vardır ki o da malum adına osmoz denen hadiseyle yarı geçirgen zarlardan sadece su moleküllerinin doğrudan geçiş yapmasıdır. İşte vuku bulan bu hadisede çözünmüş taneciklerin kinetik enerjiyle birlikte çözelti içerisinde çıkan basınç osmotik basınç olarak karşılık bulur da. Nitekim hayvan organizmasında yer alan toplam osmotik basınç büyük taneciklerden ve kolloidlerden teşekkül etmekte. Bu arada unutmayalım ki element dünyasında hazırlanan çözeltilerin dilini anlamak için de bir takım çözelti kavramlarını tanımın yapmakta fayda vardır elbet. Şöyle ki,   herhangi bir biyolojik numune bir çözelti içerisine konup eğer bu numunenin hücre içi ve hücre dışı sıvıları osmotik basınca denk düşen eş konsantrasyon içeriyorsa bu çözelti izotonik çözelti olarak addedilir. Yok eğer konsantrasyon farkı izotonik çözeltinin konsantrasyonundan daha az değerdeyse bu tip çözeltiler hipotonik çözelti,  konsantrasyon hipotonik çözeltinin üstünde olduğunda hipertonik çözelti adını alır. Hipotonik çözelti çok düşük konsantrasyon değerlere indiğinde ise hücre ister istemez patlak vermek durumunda kalacaktır. Mesela eritrositlerin reaksiyona girmesiyle açığa hemoglobin çıkması konsantrasyon farkı doğurur ki, bu durum eritrositlerin aglütinasyonuna (çökelmesine) neden olup bu olay hemoliz olarak addedilir. Ya da bu örneğin tam tersi şayet bir biyolojik materyal hipertonik bir çözelti içerisine konup hücre öz suyu osmotik basınçla yukarı çıkıp büzüşürse bu olay plazmoliz diye tarif bulur. Bir çözeltide iyon ve moleküllerin kendi aralarında konsantrasyon farkıyla ortaya çıkan taneciklerin bir takım termik şartlar eşliğinde düzenlenmesi olayına difüzyon adı verilmekle beraber, tanecik büyüklüğü, difüzyon hızına göre değişik isimler alabiliyor. Mesela çözünmüş taneciklerin yarı geçirgen bir zardan gerçekleştirdikleri difüzyon hadisesi dializ diye nitelendirilir.

        Kaba süspansiyonlar bulanık görünüşte olup, bunlara süt içerisinde ki yağ damlacıkları ve kanda eritrositlerin dağılışını örnek gösterebiliriz.

        Biyokimya düzeninde rol oynayan çekim kuvvetleri

        Biyokimyasal hayatın temelini başlangıç maddeleri oluşturup, binasını ise hücre yapısı oluşturmaktadır. Nitekim en küçük birimden en büyük birime doğru ilerledikçe canlı hayatın ilk nüvesini hücre oluşturduğu anlaşılmakta olup, mesela ilk hücreye (prokaryot hücresi) örnek vermek bakımdan Escherichia coli bakterisi bunun bariz tipik misalini teşkil eder. Keza eubakteriler, mavi yeşil algler, spiroketler ve riketsiyalar gibi bir hücreli canlılarda prokaryotik organizmalara örnek teşkil ederler. Bilindiği üzere prokaryotik hücreler mitokondri ve endoplazmik retikulum gibi çok gelişmiş organellere sahip değillerdir. Pprokaryotik hücrelerin en belirgin organeli olarak gösterebileceğimiz olsa olsa sadece kendisini oluşturan yapı çekirdek bölgesinde sıkı bir yumak şeklinde tek bir DNA çift sarmal molekülü bünyesinde barındıran kromozom olacaktır.

     Ökaryotik hücreler içinde örnek verecek olursak mesela bunun içine karaciğer hücresini örnek verebileceğimiz gibi maya hücreleri, protozoa ve birçok alg türlerini de bu gruba dâhil edebiliriz. Yetmedi yapı bakımdan bunlardan daha üst konumda bulunan yüksek organizmaların hemen hepsi de ökaryotik hücreler kapsamında kategorize edilirler. Hatta tüm bunlardan öte eukaryot hücrelerin bir yandan etrafının hücre membranıyla donatılır olması diğer yandan hücre içi donatımlarının mitokondri, golgi cisim ve endoplazmik retikulum gibi organellerle donatılmış olması prokaryot hücrelere göre daha bir ayrıcalık özelliğini ortaya koyar.  Tabii tüm bu özellikler bunlarla sınırlı değil,  dahası var elbet. Mesela yüksek yapılı bitkilerin yaprak mezofilindeki parenkimal hücreler fotosentez yönünden oldukça aktif yapıda oldukları gözlemlenmiştir. Hem kaldı ki gerek bitkilerde temel doku özelliğine sahip parankima hücreleri, kloroplastlar, vakuoller ve kalın hücre duvarların varlığı gerekse hayvan hücrelerinde sıkça karşılaşılan nükleus, mitokondri, golgi cismi, endoplazmik retikulum, ribozom gibi en temel organel yapıların varlığı da ökaryotik hücrelere apayrı ayrıcalıklı özellikler katan yapılar olmaktalar.  Öyle ki kloroplastların klorofilce zengin olmaları hasebiyle,  bir bakıyorsun havadan aldıkları karbondioksit (CO₂)  ve bitki kökleriyle aldıkları su (H₂O) sayesinde glikoz üretip nişasta halinde depolandıkları gibi bitkiler kendi karanlık reaksiyonlarında bile oksijeni (O) kullanıp gerektiğinde 24 atomluk üzüm şekeri (glikoz: C₆H₁₂O₆) ve 45 atomluk çay şekerini (sakkaroz: C₁₂H₂₂O₁₁)   üretebiliyorlar.

        Peki, tüm bunlar iyi hoşta acaba bunlar bize neyi gösteriyor derseniz,  belli ki tüm organik biomoleküller çevreden sağlanan CO₂, H₂O ve N gibi başlangıç maddelerinden meydana geldiğini göstermektedir.  Hatta bu başlangıç maddeleri canlılar tarafından bir takım ara bileşikler yoluyla molekül ağırlıkları 100 – 350 arasında değişen biomoleküllere dönüştürülür de. Daha sonrasında ise malum bu yapı taşı hükmündeki moleküller kovalent bağlarla birleşerek daha büyük çapta makro molekülleri oluştururlar. Derken zincirlemesine:

     - Amino asitler; proteinleri, 

     -Mononükleotitler; nükleikasitleri, 

     -Monosakkaritler, polisakkaritleri, 

     -Yağ asitleri; birtakım lipitleri meydana getiren moleküller olarak gün yüzüne çıkmış olurlar. Bir sonraki aşamalar için de devreye makro moleküllerin oluşturduğu supramolekül adı verilen karmaşık yapılar sahne alır. Böylece lipoproteinler; lipit ve proteinlerin birleşimiyle teşekkül etmiş olur. Keza multienzim kompleksleri de çok sayıda proteinlerin kovalent olmayan bağlarla kurdukları köprüler sayesinde hep birlikte bir arada supramoleküler yapılar olarak ortaya çıkarlar. Tüm bu köprü bağ oluşumlarından anlaşılan o ki supramoleküler yapıların teşekkülü iyonik ve hidrofobik etkileşimler, hidrojen (H₂)bağları ve Van der Waals denen düşük sıcaklıkta zayıf fiziki çekim kuvvetlerle gerçekleşmekte. Örnek mi? İşte ipeğin oluşumunda etken olan iplik moleküllerinin oluşumu bunun en tipik örneğini teşkil eder zaten. Kelimenin tam anlamıyla hücre yapısını meydana getiren en yüksek konuma haiz supramoleküler yapıların kovalent olmayan bağlarla bir araya gelmesiyle organel yapılara dönüşebilmekteler. Derken bu dönüşümlerle birlikte sırasıyla hücre membranı, mitokondri, nükleus, mikrocisim, vakuol ve kloroplastlar bu yapının temel unsurlarını oluştururlar.

      Biyokimyasal gönül bağı molekülleri 

       Kâinatta belli ki her zerrede aşk gerçeği vardır. Çekim olmasa aşkta olmaz. Mutlaka sevenle seven arasında gönülden gönüle akan bir çekim alanı oluşmalı ki aşk bağı kurulabilsin. Dolayısıyla biyokimyamızı oluşturan moleküller, bir tür gönül köprüsü diyebileceğimiz moleküller arası çekim kuvvetleri sayesinde birbirine tutunup bağ oluşturabilmekteler. Bu yüzden elektrik yükü olmayan moleküller arasındaki narin zayıf nitelikteki çekim gücüne Wan der Waals çekmeleri veya Van der Waals kuvvetleri diye tarif edilir.

       Van der waals çekim kuvvet bağları üç grupta toplanabilir:

        -Apolar çekim kuvvetler veya London kuvvetleri (atomların geçici polarizasyondan ileri gelen çekmeler),

        -Dipol etkileşim çekim kuvvetler (devamlı polarizasyondan ileri gelen çekmeler),     

        - Hidrojen atomunun çekim gücüne dayalı bağ oluşturmalar.

       Biyokimya olaylarında çözme işlemleri kadar bağ ilişkileri de çok mühim bir yer teşkil eder. İster adına karşılıklı işbirliğine dayalı bağ deyin, isterse gönül bağı diyelim sonuçta moleküller arası köprülerin varlığı biyokimya düzeninin işleyişi açısından bağ oluşturmak durumundadırlar.  Zira hidrojen atomu tıpkı azot ve oksijen gibi, elektro negatif atomlara ilgisinin gereği bir çift elektronunu iki atom arasında ortaklaşa kurduğu birliktelikle kuvvetli bağ oluşturulabiliyor. İşte oluşan bu tür ortak birliktelikle oluşan bağa ise kovalent bağ denmektedir. Belli ki hidrojen bağının ortaklık oluşturma yönünden diğerlerine göre eşi ve benzeri az rastlanır istisnai bir konumu söz konusudur. Öyle ki hidrojen bağları olmasaydı belki de adale kaslarından bahsedemeyecektik. Hatta hidrojen bağları olmasa protein molekülleri kararlı yapılar sergileyemeyeceklerdi. Her şeyden öte enfeksiyona uğramış bir vücudun imdadına her halükarda hidrojen bağları yetişmekte olup, bu noktada vücut antibody (antikor)  üretimine yardımcı olmuş olurlar. Hatta vücudun 3/4’ünü teşkil eden ab-ı hayat su molekülleri bile bu bağın katkılarıyla ancak sıvı hale gelebilmekteler. Zira bu noktada hidrojen bağı suya eriticilik nitelik kazandırmaktadır.

        Bakınız Allah Teâlâ bu hususta; “Biz (her yıl) gökten belli bir miktarda su indiririz ve de onu yeryüzünde (Belli bölgelerde) iskân edip yerleştiririz Şüphesiz ki Biz onu (kurutup) giderme gücüne de sahibiz” (Mü’minun,18) diye beyan buyurmakla suyun canlı cansız âlem için nasıl ab-ı hayat oluşuna işaret etmektedir. Su organizmada organik ve anorganik maddeler için iyi bir çözücü olduğu gibi metabolik artık ve toksik maddelerin vücuttan atılması için de iyi bir taşıyıcıdır. Su bununla da sınırlı kalmayıp birincil yapıya sahip diğer sıvılara kıyasen yüksek bir erime noktasına, kaynama sıcaklığına, buharlaşma ve erime ısısına özgül ısıya ve yüzey gerilimine de sahiptir. Zira bu özellikler su molekülleri arasında kuvvetli bir çekim olduğunu göstermektedir. Su molekülleri arasında sürekli cereyan eden kuvvetli çekimin varlığı moleküllerin dipolar özelliğinden (+ ve – yüklü oluşundan) ileri gelmektedir. Hatta su (H₂O)’da oksijen atomunun yarı doymuş sp³ hibrid orbitali ile 2 derecelik iki hidrojen atomun 1 s orbitalinin üst üste gelmesi sonucunda 104,5 derecelik bir açıya tekabül eden H-O-H bağları da oluşmaktadır. Bu arada meydana gelen bağların bir yandan oksijen atomu üzerinde negatif yüklü gama (γ)^- oluşurken diğer yandan ise hidrojen atomları üzerinde ise pozitif yüklü gama (γ)⁺ oluşabiliyor.  Ayrıca bir su molekülünün oksijen atomu üzerinde yer alan kısmı negatif yük ile diğer hidrojen atomu üzerindeki kısmi pozitif (+) yük arasındaki elektrostatik çekim meydana gelir ki,   bu tür elektrostatik etkileşmeye Hidrojen bağı denmektedir. Malumunuz hidrojen bağların en önemli özelliği kovalent bağlara oranla daha zayıf olmalarıdır. Keza hidrojen ve oksijenin bağ yapan orbitallerinin düzenlenmesinde ortaya çıkan yönelme durumları da farklıdır.  Hidrojen bağları bu noktada ancak ve ancak spesifik geometrik şartlar altında kararlı olup, bu kararlılık daha çok elektro negatif yüksek atomlar sayesinde gerçekleşmektedir. Şayet iki yapı arasında çok sayıda hidrojen bağı mevcut ise bunları ayırmak için gerekli olan enerji, su moleküllerinin aynı noktalardan oluşturacakları hidrojen bağların toplam bağ enerjilerinden çok daha büyük olması gerektirir ki, bu olay kooperatif etkileşim olarak karşılık bulabilsin.  Dahası kimyasal bağ olumlarından anlaşılan o ki, kovalans bağ (ortaklaşım bağı)  dışarıdan herhangi bir etkiye maruz kalmaya gerek kalmaksızın yörüngesinde elektron atomunu tutma becerisi sergileyip, komşu atomlar arasında ikili çiftler ya da üçlü çiftler halde asal gaz karakterine dönüşecek şekilde kararlı ortak bağ oluşturabiliyor olmalarıdır. Nitekim biyokimya polipeptit zincirleri arasındaki disülfür bağları (-S-S-) bunun tipik örneğini teşkil eder.

        İyon bağlar ise malum pozitif  (+) yüklü gruplarla negatif (-) yüklü grupların kendi aralarında oluşturdukları elektrostatik çekme kuvvetleri sayesinde tutunmasıyla birlikte bağ oluşturmaktalar. Nitekim fizikçiler yaptıkları birtakım deneylerle atom veya elektriği analiz ettiklerinde elektron kutupta yer alan artı (+) ve eksi (-) iyon çiftlerle karşılaşırlar hep. Böylece bu çiftlerin ya üçüncü kuvvet olarak iyonik bağ oluşturdukların ya da en son dördüncü kuvvet diyebileceğimiz kovalent bağa dayalı birliktelik oluşturduklarını yaptıkları deneylerle gözlemleyebilmişlerdir.. Öyle ki iyonik bağ oluşurken birtakım uzaktan etkiyen kuvvetler vasıtasıyla elektronlar yörüngesinden çıkıp transferinin vuku bulduğunu da gözlemlemişlerdir. Nitekim bu noktada protein molekülleri arasında cereyan eden anyonik ve katyonik grupların varlığı bunun tipik örneğini teşkil eder.  Hatta yetmedi bu noktada anyonik gruplara; Glutamat, aspartat ve moleküllerin ucunda yer alan serbest karboksilatı örnek verebiliriz. Daha da yetmedi katyonik gruplar yönünden de; Arginin, lizin, histidin ve molekülün diğer ucunda konumlanmış serbest amonyumları örnek verebiliriz.

         İşte tüm bu örnek olarak gösterebileceğimiz oluşumlar belli ki tesadüfen oluşmuş gruplar değildir, bilakis her bir oluşumun ve gurubun yaratılış kodlarında belli bir gayeye yönelik üstlenmiş oldukları hedeflerinin varlığını göstermektedir. Derken üstlenmiş oldukları hedefler doğrultusunda moleküllerin, moleküler arası kuvvetlerle birleşmesi sonucu önce lif ve hücre zarı türü yapılar oluşur, sonrasında ise malum oluşan yapıların aynı türden kuvvetlerle bir araya gelmesiyle de bildiğimiz doku ve organlar teşekkül etmektedir. Tıpkı bu toprak ve çamurdaki elementlerden Hz Âdem (a.s)’ın toprak, su, hava ve ateş bileşimlerinden vücuduna aktarılacak olan elementlerin seçilmesiyle sırasıyla oluşacak olan hücre, doku, organ ve vücut sistemi bütünlüğünün benzeri bir durumdur. Nitekim Fizyolog Lillie bu ve buna benzer olaylardan hareketle bir demir telini doymuş nitrik aside batırarak telin oksitlenmesini sağlayıp suni bir sinir lif oluşturabilmiştir. Bu arada oksitlenen demir teli kazınıp tekrar nitrik asitle reaksiyona girdiğinde açığa çıkan gaz habbelerle (kabarcıklarla) birlikte oluşan oksitlenme o anda sonlanıp stabil hale geldiği de gözlemlenmiştir. Böylece yeni bir sinir lifi modelinin ortaya çıkması sağlanmıştır. Bir başka ifadeyle birtakım elementlerin kimyevi bileşenlere dönüştürülmesinin deneysel taklidin de bile canlı alemin yaratılış mucizesinin sırlarına vakıf olmanın izlerini sürmek pekala mümkün olabiliyor.

       Velhasıl-ı kelam;  ateistler her ne kadar insanın yaratılış mucizesinin ilk aşamalarında toprak, su, hava ve ateş terkibi elementler birlikteliğiyle vücut bulmasını inkâr etseler de, sonuçta bu söz konusu dörtlü bileşen unsurlar kendi hal lisanlarıyla yaratılış mucizesini dillendirip inananların tasdik etmesine vesile oluyorlar ya, bu bize yeter artar da. Zira bu söz konusu bileşenler sonrasında insana gıda olma noktasında kimyevi terkiplere evirildiği gibi balgam, sevda, kan ve safra vs. terkiplere evirilip en nihayetinde nutfe (zigot), alaka (embriyo), mudga (fetüs), kemik, et, sinir vs. organ sistemine dönüşerekten vücut bulmuş oluruz.  Nitekim Yüce Allah (c.c)  bu hususta “Ne oluyor size de Allah’ın büyüklüğünü hesaba katmıyorsunuz? Oysa O sizi türlü devrelerden geçirerek yaratmıştır” (Nuh suresi,13-14) ayet-i celilesiyle yaratılış mucizesinin merhalelerini tüm yarattığı kullara beyan buyurmak suretiyle inkâra değil inanmaya davet etmekte de. 

        Vesselam.

https://www.enpolitik.com/kose-yazilari/elementler_dunyasi-6273.html